Depuis plus d’un demi-siècle, la recherche scientifique et le développement technologique en acériculture ont été principalement réalisés ou financés par deux ministères du gouvernement québécois : le ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec (MAPAQ), pour tous les aspects liés à la récolte de la sève d’érable, à sa transformation ainsi qu’à la mise en marché des produits acéricoles, et le ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs (MFFP), pour tous les éléments relatifs aux peuplements forestiers particuliers que constituent les érablières acéricoles.
Dès 1996, il devient évident que les principaux partenaires du secteur acéricole québécois devront unir leurs efforts et contribuer à la gestion et au financement des programmes de recherche et de développement. Le MAPAQ prend l’initiative de ce virage en offrant aux principaux organismes du milieu un véritable partenariat pour créer un nouveau centre de recherche. À cet effet, le MAPAQ s’engage à maintenir, pour une certaine période, sa contribution financière pour faciliter le transfert des ressources humaines, de certains immeubles ainsi que toute l’expertise scientifique et technologique développée et consolidée au fil des années en recherche acéricole. En contre partie, les autres partenaires s’engagent à réunir une portion significative des sommes requises pour le financement des activités du Centre ACER pour en assurer la croissance.
C’est donc à cette époque, à la demande de M. André Vézina, sous-ministre au MAPAQ, que M. Bernard Aurouze, directeur du Groupe de recherche acéricole, alors rattaché à l’Institut de technologie agroalimentaire de Saint-Hyacinthe, rencontre les principaux leaders du secteur acéricole et leur propose cette forme, inusitée pour l’époque, de partenariat.
Comprenant l’importance du développement technologique pour le milieu acéricole, les partenaires acceptent l’entente avec enthousiasme afin de maintenir l’apport de nouvelles connaissances obtenues par des activités de recherche appliquée réalisées par une équipe de chercheurs spécialisés et pluridisciplinaires. Une équipe de recherche dynamique, soutenue autant par l’industrie que par le gouvernement, disposant de toute l’expertise et du savoir-faire technologique de l’époque voit le jour et essaie de pallier rapidement à certaines situations préoccupantes.
Durant l’année 1997, les différents protocoles d’entente entre les parties sont conclus et c’est en avril 1998 que la nouvelle corporation voit le jour sous le nom de Centre de recherche, de développement et de transfert technologique acéricole inc. (Centre ACER). L’année 1998 est donc une année de transition entre la réalisation d’un programme gouvernemental de recherche et la mise en place d’une véritable programmation proposée par son nouveau directeur général, M. Richard Cormier, et acceptée par les partenaires du secteur acéricole réunis au conseil d’administration du Centre ACER. Les réalisations de cette première année d’activité sont sommairement décrites dans le rapport annuel 1998 du Centre ACER.
En 2004, c’est l’inauguration d’une nouvelle infrastructure construite afin de remplacer les bâtiments érigés sur le site de l'érablière de Saint-Norbert-d’Arthabaska et dont certains éléments dataient du début du siècle dernier. Le concept architectural retenu pour ces nouveaux bâtiments devait allier un certain modernisme, reflétant ainsi la fonction de recherche et de développement du Centre ACER, à certains éléments structuraux évoquant le bâtiment d'exploitation traditionnel.
Pour ce projet d’envergure, le Centre ACER tient à souligner la collaboration exceptionnelle de ses principaux partenaires financiers tels que le ministère du Développement économique et régional (MDER), le ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec (MAPAQ), ainsi que les membres de la corporation qui, en plus de leur contribution annuelle, ont accepté de souscrire des sommes importantes pour compléter les sommes exigées par les programmes de financement gouvernementaux. Il est également important de souligner la qualité des professionnels (l’architecte, les ingénieurs et les artisans des métiers de la construction) qui ont été associés au dossier et qui ont su proposer des solutions techniques souvent audacieuses afin de répondre aux contraintes opérationnelles d'un bâtiment exceptionnel à bien des égards. Finalement, le personnel scientifique et technique du Centre ACER a lui aussi été mis à contribution.